Középiskoláit Selmecbányán, a tudományegyetemet Budapesten végezte. 1906-ban doktorált. Már 1905-ben belépett élete első és egyetlen munkahelyére, a Magyar Nemzeti (később Természettudományi) Múzeum növénytárába. 1919-ben kinevezték a növénytár vezetőjévé; emiatt később munkatárssá minősítették vissza. 1932-ben lett egyetemi tanár. 1934-ben már újra a tár igazgatója, egészen 1940-ben történt nyugállományba vonulásáig. 1936-ban az MTA levelező, 1943-tól rendes tagja. 1950 után nyugdíjasként még tovább, 20 éven át naponta rendszeresen bejárt a növénytárba, felhasználva munkájához annak gazdag herbáriumát és könyvtárát. 1952-ben Kossuth-díjjal tüntették ki. Számos társadalmi, tudományos és ismeretterjesztő társulat (MTA, TTT, stb.) aktív tagja, szerkeszti a Botanikai Közleményeket, majd az Acta Botanica Hungarica-t; egyik alapítója, haláláig vezetője (részben írója is) a Magyarországi Kultúrflórája sorozatnak. Több külföldi kongresszus résztvevője, az angliai Flora Europae bizottság egyik hazai munkatársa.

Századunk első felének Európa-szerte ismert flórakutatója, a Kárpát-medence és a Balkán növényvilágának ritka képességű tudósa. Biztos és egyedülálló fajismeretét szenvedélyes terepjárásai során a természetben tett megfigyelései, gyűjtései és tehetsége alapozták meg. 60 év alatt közel 2200 napot töltött a szabadban, és az ennek során gyűjtött 22000 lapnyi herbáriumi anyaga is egyedülálló teljesítmény. 120 új növényt fedezett fel és írt le. Nevét 40 virágos és virágtalan taxon őrzi, közöttük a legújabban felfedezett kubai Rubiaceae-nemzetség: a Javorkea.

Jelentős számú (220-nál is több) publikációjának zöme a florisztikával, a rendszertannal és a chorológiával (elterjedéstan) foglalkozik, elsősorban a Kárpát-medence, az Alpok és a Balkán (Albánia, Jugoszlávia, Bulgária) területével összefüggésben. Egyik legszorgalmasabb gyűjtője a Flora Hungarica Exsiccata sorozatnak. Monografikus génuszfeldolgozásai (Onosma, Ericaceae, Hieracium, Linum, Sorbus) mellett legfőbb érdeme, hogy neki köszönhető a már Kitaibel óta tervezett magyar flóramű tényleges megalkotása. Két évtizedes munkássága alapján állította össze az 1400 oldalas Flora Hungarica-t, mely a hazai flórakutatás mérföldköveként a Kárpát-medence valamennyi magasabb rendű (4000-nél is több) fajának kritikai áttekintését adja. E művében jelennek meg a kiváló illusztrátortárs, Csapody Vera első morfológiai rajzai, melyet később az együttes munkásságuk koronájaként megjelent nagy képes atlasz pompás ábrái követnek. A ma is nélkülözhetetlen kézikönyvet 1975-ben, 1979-ben és 1991-ben újra megjelentették.

Szintén Csapody élethű illusztrációival jelentek meg közel 40 év során a Kis növényhatározók, majd színes akvarellekkel a népszerű Erdő-mező virágai (magyar és szlovák kiadásban); azután a Magyarország gyógynövényei (1948), valamint a kerti dísznövények színes atlasza (1962).

Alapvető forrásmunka a nagy előd, Kitaibel Pál örökbecsű herbáriumának kritikai érzékkel feldolgozott sorozata (1925-1936), és a kétszáz éves jubileum alkalmából megjelentetett részletes Kitaibel-életrajz (1957). Sok más botanikusról szóló megemlékezésen kívül több természetvédelmi cikk (vagy könyv: Viruló természet, 1948) került ki tollából.

Főbb művei:

• Magyar flóra ( Flora Hungarica), Budapest 1924-25.
• Jávorka-Csapody: Iconographia Florae Hungaricae, Budapest 1929-34.,
• Jávorka-Soó: A magyar növényvilág kézikönyve, Budapest 1951.,
• Jávorka-Csapody: Kerti virágaink, Budapest 1962..

Irodalom:

• Szabó-Moesz-Gombocz: A magyar flóra, (Botanikai Közlemények, 22., 1925) ,
• Zólyomi B., Erinnerung an S. J., (Ann. Hist.-Nat. Mus. Nat. Hung., 54, 1962),
• Priszter Sz.: Magyar Flóra, (Botanikai Közlemények, 62., 1975)

Forrás:
[Priszter Szaniszló, Magyar Tudóslexikon A-tól Zs-ig, Better Kiadó, Budapest 1997., 417-418 o.]
[Z. Radwańska-Paryska, W. H. Paryski: Wielka encyklopedia tatrzańska, Wydawnictwo górskie, Poronin 1995., 468. o.]